Co-option of a mouse-specific retrotransposon rewires Ash2l isoform usage to prime developmental promoters
该研究揭示了一种小鼠特异性逆转录转座子通过转录干扰机制调控 Ash2l 基因的选择性转录起始位点切换，从而产生截短型蛋白异构体，进而修饰发育基因启动子的染色质状态以控制胚胎发生和细胞命运决定。
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molecular biology
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Medulloblastoma-associated mutations in the RNA helicase DDX3X/DED1 cause defects in the translational response to TORC1 inhibition
该研究揭示中脑母细胞瘤相关突变 RNA 解旋酶 DDX3X/DED1 在 TOR 通路抑制下表现出抗药性生长，其机制在于突变体选择性地促进具有非结构化 5'UTR 的促生长 mRNA 翻译，同时抑制其他结构化转录本，从而帮助肿瘤细胞逃避应激诱导的生长控制并推动疾病进展。
Summarizing RNA Structural Ensembles via Maximum Agreement Secondary Structures
本文提出了名为 MASS 的 NP 难问题及其精确算法与启发式解法，旨在通过寻找能同时划分输入结构并识别共有特征的最大结构特征集，从而克服现有方法在 RNA 结构聚类与共识识别上的局限，实现对 RNA 结构集合的有效总结。
Dynamic engagement of dual-role regulators by the Sin3 complex
该研究通过整合结构动力学方法，揭示了双功能调控因子 Cti6 与转录因子 Ash1、Ume6 如何动态结合 Sin3 去乙酰化酶复合物，阐明了基因抑制与激活之间串扰的分子组装机制。
Identifying severe COVID-19 risk variants modulating enhancer reporter activity in lung cells
该研究利用大规模并行报告基因测序（STARR-seq）和深度学习模型，在肺上皮细胞中系统筛选并鉴定出 166 个具有活性及 29 个等位基因特异性调控效应的严重 COVID-19 风险变异，揭示了其通过改变基因表达影响疾病进程的潜在机制。
End-to-end single-stranded DNA sequence design with all-atom structure reconstruction
本文提出了名为 InvDNA 的深度学习框架，通过端到端方式直接从原子坐标设计单链 DNA 序列并重建全原子结构，显著提升了序列恢复率及折叠成功率，克服了因结构数据稀缺导致的 ssDNA 设计瓶颈。
A non-canonical role of Myc in programming basal cells as sentinels of upper airway immunity during influenza infection
该研究揭示 Myc 在流感病毒感染后通过 CXCL10-CXCR3 轴调控基底细胞增殖并招募 CD8+ NKT 细胞，从而发挥非经典免疫哨兵功能以协调上呼吸道黏膜修复。
Inferring Accumulation Times of Mitochondrial DNA Deletion Mutants from Cross-Sectional Single-Cell Data: Application to Tabula Muris Senis
本研究利用 Tabula Muris Senis 项目的单细胞转录组数据，通过随机建模框架量化了小鼠肌肉细胞中 mtDNA 缺失突变体的积累特征，揭示了特定基因区域的突变热点及其选择优势，并推断出这些突变从发生到主导细胞仅需约 3 个月的快速克隆扩张过程。
Molecular characterization of chikungunya viruses associated with outbreaks in Kenya from 2017 to 2020
该研究通过分子特征分析和临床数据，揭示了2017至2020年肯尼亚莫桑比克和达达布 - 哈格德拉地区爆发的基孔肯雅病毒均属于印度洋谱系且携带增强蚊虫传播适应性的关键突变，同时明确了肌肉酸痛、头痛和惊厥是该病毒感染区别于其他急性发热疾病的显著临床预测因子。
An Alport variant illuminates the bioactivity of the collagen IV α565- α121 scaffold in Bowman's capsule.
该研究通过对比将"Z-延伸”序列分别引入胶原 IVα3 和α5 亚基的小鼠模型，发现该变异仅在α5 亚基中诱导鲍曼囊基底膜显著增厚及α121 支架沉积，从而揭示了胶原 IVα565-α121 支架在鲍曼囊中具有独特的生物活性及其结构异常对组织病理的影响。
Annexin A2 Regulates Surfactant Dysfunction During Injurious Ventilation.
该研究发现 Annexin A2 通过调节肺表面活性物质中 POPG 的含量及相变功能，在机械通气引起的肺损伤中发挥关键作用，其缺失会导致肺顺应性下降，提示 Annexin A2 可能是治疗 ARDS 患者表面活性物质功能障碍的新靶点。
Dosage compensation defects due to roX RNA deletion are rescued by recalibration of X/autosome stoichiometry
该研究发现，在果蝇雄性 S2 细胞中，虽然缺失 roX RNA 会导致剂量补偿复合物无法结合并激活 X 染色体基因，但细胞通过获得额外的 X 染色体（即改变 X/常染色体比例）来补偿表达失衡，而重新表达全长 roX2 则能恢复复合物结合并纠正染色体异常。
Circadian immunometabolic states impart a temporal response to SARS-CoV-2 spike proteins in mammalian macrophages
该研究通过多组学分析发现，昼夜节律通过调控巨噬细胞的免疫代谢状态（而非经典免疫激活），使其对 SARS-CoV-2 刺突蛋白的响应在一天中呈现抑制与激活两种截然不同的时相特征。
Exposure to per- and polyfluoroalkyl substances elicits cell type-specific impacts on p53 and TGF-β signaling pathways
该研究揭示了全氟辛酸（PFOA）及其替代品 GenX 在多种人体细胞系中表现出细胞类型特异性的毒性差异，并通过激活 p53 介导的 DNA 损伤应答及 TGF-β/SMAD 炎症通路，阐明了不同组织对这两类全氟烷基物质易感性的分子机制。
Single-Cell and Spatial Methods for Multimodal Functional Glycan Profiling in Tissues
该研究开发了 scGOAT-seq 和 GlycoScope 两种基于人源凝集素的新平台，实现了在单细胞和空间尺度上对功能性糖基化可及性的多组学整合分析，从而揭示了传统方法无法捕捉的免疫细胞激活状态及淋巴瘤微环境中的特异性糖基化程序。
Developmentally Regulated GTP-binding Protein Drg1 defines a translational decision point that protects mitochondrial integrity
该研究揭示了发育调控 GTP 结合蛋白 Drg1 通过与线粒体外膜结合并调控关键线粒体蛋白的翻译，从而维持线粒体形态、动力学及功能完整性的新机制。
Oncogenic chromodomain mutations allosterically impair TIP60 acetyltransfearse function preventing activation of DNA repair genes under genotoxic stress
该研究揭示癌症相关的 TIP60 染色质结构域突变通过变构机制破坏其三聚体组装和乙酰辅酶 A 结合能力，从而在保留染色质结合的同时抑制其乙酰转移酶活性，导致 DNA 损伤修复基因无法激活并引发基因组不稳定性。
Proteomic Signatures of Mitochondrial Dysfunction Associated with Atrial Fibrillation in Goats
该研究利用山羊房颤左心房组织的蛋白质组学数据，通过生物信息学分析揭示了线粒体功能障碍的特征，发现热休克蛋白 HSPA9 作为关键调控枢纽，协调了氧化磷酸化复合物 I 和 III 亚基的失调，表明房颤中线粒体存在整合能量产生、蛋白质稳态及呼吸链调控的系统性适应机制。
Selective targeting of a histone-like silencer Sfx to the R6K conjugal transfer operon
该研究发现质粒 R6K 编码的组蛋白样蛋白 Sfx 通过相分离机制与 Rho 因子协同作用，特异性地靶向并结合 R6K 接合转移操纵子，从而在转录延伸阶段实现对该操纵子的选择性沉默，而宿主 H-NS 蛋白则无法发挥此功能。
Testing vivo-morpholino mediated gene knockdown in threespine stickleback
该研究首次在三刺鱼中测试了体内反义吗啉代寡核苷酸（vivo-MOs）介导的基因敲低技术，证实了该方法的可行性，但受限于注射递送的不稳定性，仅成功在脾脏中观察到 Spi1b 基因的显著敲低。